14年前，初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三衝擊，使世界發生前所未有的鉅變。在此之後，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宮村優子 配音）和真裏（坂本真綾 配音）奪回被封印在衛星軌道上的初號機和碇真嗣（緒方惠美 配音），但絕對禁止真嗣登上初號機。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗（林原惠美 配音）登上突然入侵的九號機，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這裏，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那裏得知自己將和美少年渚薰（石田彰