2125年，爲了尋找新的能源（人口爆炸到一百來億了），太陽系開發機構決定推進“木星太陽化計劃”，定於2140年實現這一計劃。駐紮在前線基地“米涅瓦”的計劃主任本田英二（三浦友和）就在這時候與失去聯繫多年的戀人馬利亞重逢了，但是他不知道的是，瑪麗亞是旨在破壞這一計劃的極端環保組織“木星教團”的破壞小組組長！　　在宇宙語言學家威廉姆的幫助下，英二乘坐木星探查艇“JADE－III”探訪了數萬年前來訪的宇宙人的飛船“木星之魂”。　　另一方面，英二的朋友PILOT KING和天文學家井上乘坐的宇宙船遇難，調查的結果，是遭遇黑洞所致！太陽系面臨被黑洞吞噬的危機！　　解決危機的方法只有一個，通過引爆木星來改變黑洞的軌道（劇組在這個問題上花了很大的精力，甚至動用了計算機做考證和計算工作）。英二與基地內人員一起爲挽救太陽系而努力的時候，瑪利亞帶人殺進了基地。。。。。