在地勢險峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇寶貝凱爾迪奧（中川翔子 配音）追隨傳說中的聖劍士克巴路歐（山寺宏一 配音）、泰利奇歐（安元洋貴 配音）、比利基恩（本田貴子 配音）修行，朝着聖劍士的目標持續努力。自不量力的凱爾迪奧不聽三位老師的忠告，貿然向龍系最強的神奇寶貝酋雷姆（高橋克實 飾）發起挑戰。及至交手時才發現自己遠遠不是酋雷姆的對手。關鍵時刻，三位聖劍士出現，爲拯救弟子而甘願犧牲自己。傷痕累累的凱爾迪奧落荒而逃，恰巧遇見正在修業旅行中的小智（松本梨香 配音）、天桐（宮野真守 配音）和艾莉絲（悠木碧 配音）一行，而憤怒的酋雷姆也尾隨而至。新的戰鬥意外拉開序幕……　　本片爲小學館創立90週年的紀念之作。