《仁醫2》完結篇延續前篇劇情，歷史依舊向着既定方向有條不紊的前行，更多耳熟能詳的歷史角色悉數登場。南方仁（大澤隆夫 飾）以大夫的身份在江戶時代生存了下來，所開設的醫館仁友堂亦步入正軌。一天他得知橘咲（綾瀨遙 飾）的母親患了當時普遍的腳氣病，由此決意製作並普及可治癒該病的點心。與此同時，坂本龍馬（內野聖陽 飾）出現在仁面前請求幫助。仁隨龍馬來到京都救治勝海舟的師父佐久間象山，竟從甦醒的後者口中得知了驚人的往事……禁門之變後京都滿目瘡痍，原本留下救人的仁被新撰組帶至薩摩藩救治西鄉隆盛。此後，坂本龍馬牽線西鄉隆盛與長州藩，促成薩長同盟。　　親歷着幕末日本局勢的陡然鉅變，仁對自己之於這個時代意義有了嶄新的認識。在不遠的未來，他將重新邂逅尋找新生活的野風（中谷美紀 飾），前篇中圍繞在他們周身的謎團亦將逐一得到解答。