陽光明媚的一天，史瑞克（邁克·梅爾斯 Mike Myers 配音）和菲奧娜（卡梅隆·迪亞茨 Cameron Diaz 配音）正在進行他們的蜜月旅行。在某個未知的叉路口，迷失方向的史瑞克和驢子（艾迪·墨菲 Eddie Murphy 飾）正對着一張地圖爭論，菲奧娜則被洋蔥頭做成的馬車薰得直流眼淚。稀裏糊塗的史瑞克找到一條荊棘叢生的險路，可是特洛尼斯突然出現劫走了菲奧娜。爲了營救新婚妻子，史瑞克與驢子一路追蹤，來到了一座陰森恐怖的墓園。在這裏，他們竟然遭遇了法爾奎德（John Lithgow 配音）的鬼魂。一場生死兩界的愛之爭奪戰由此展開……　　本片情節介於第一部和第二部之間，系採用4D技術製作。