故事發生在德川幕府第二十五代將軍德川慶康統治下的日本，德川家設立了武應學園，並組織了學生會，用以對抗還試圖頑固抵抗的豐臣一派。柳生宗朗（平川大輔 配音）是武應學園的高材生，一天，當他正在道場裏練習時，一位名叫柳生十兵衛（悠木碧 配音）的美少女從天而降，柳生就這樣莫名其妙的多了一個“妹妹”，和十兵衛開始了同居生活。　　外表年幼實則足智多謀的真田幸村（釘宮理惠 配音）、英姿颯爽大大咧咧的後藤又兵衛（小林優 配音）、優雅的千金大小姐德川千姬（壽美菜子 配音）、風紀委員服部半蔵（後藤沙緒裏 配音），這些姑娘們接二連三的出現在了柳生的身邊。