扣人心絃的《血色星期二》第二部再次席捲而來。天才黑客高木藤丸（三浦春馬 飾）這次又會遇到什麼棘手的問題呢？ 　　第一部的最後，藤丸和其朋友力挽狂瀾地阻止了病毒危機。而這次他們面臨的則是更加令人恐怖的核彈恐怖計劃。在病毒危機結束後兩年，受其影響的藤丸決定再也不碰電腦，可是他還是不能組織自己和朋友九條音彌（佐藤健 飾）、高木遙（川島海荷 飾）被捲入到新的計劃當中。載有核彈的飛機正在一點點向東京逼近，而東京的羣衆卻毫不知情，爲了避免東京遭受到核彈的重創，藤丸和音彌不得不繼續開始奮戰。而他們所面對的除了老對手摺原瑪雅（吉瀨美智子 飾）和神崎潤（成宮寬貴 飾）外，還有許多新人。而結果究竟如何呢？