一團碩大無朋的高能離子云，在遙遠而神祕的太空中迅疾地飄移這團能量雲具有無堅不摧的威力，足以毀滅宇宙間任何物質結構。在它所劃過的軌跡上，早已有好幾艘分屬銀河三大勢力的星艦遇難了……地球-銀河系星球聯邦的重鎮，星際艦隊總部的所在地。在位於北美洲舊金山的星際聯邦艦隊總部，寇克將軍正像往常一樣百無聊賴無所事事，突然間卻接到了一個再好不過的命令檢視企業號準備執行緊急任務。原來地球的防衛體系己經發現了那團高能離子云，而且偵測出它正對準地球飛來。寇克將軍的任務，就是要趕在它到達地球之前，率領企業號先迎上去一探究竟。闊別了將近十年，當寇克重新登上企業號時，內心的興奮與激動真是難以形容。可是當他 隨着現任的艦長迪卡檢閱過了人員與裝備之後，卻又不禁興起不少陌生的感覺。因爲經過 這些年來的不斷改良，企業號的功能與威力都增強了許多，但也因而使得前任的艦長寇克 將軍有點摸不着頭緒了。不過還好的是，接下來馬上就有很大的驚喜沖淡了這份陌生感神通廣大的寇克竟然在短時間之內幾乎把老戰友都找齊了！例外的只有史波克先生，他因爲正在瓦肯星進行高深的修煉，所以沒有辦法趕來，成了這次任務的唯一遺憾。由於寇克是星際艦隊的高級長官，所以在出發之後，迪卡艦長只好很不情願地暫時交出指揮權。一開始的時候，兩位新舊艦長之間難免有些成見與摩擦，但漸漸地就因爲相互了解而變得惺惺相惜。寇克發現迪卡的確是個優秀稱職的好艦長，而迪卡也開始真正地把寇克 敬作父執。原來迪卡的父親也曾做過寇克部下，後來卻不幸在末日武器那個事件中英勇犧牲了。企業號上的新面孔，除了迪卡艦長之外，還有一位美麗的女領航員伊莉雅。雖然她是德羅坦星人，但除了有頭髮之外，卻是地球人眼中的標準美女，連迪卡艦長都曾與她有過一段羅曼史。在迎向能量雲的途中，企業號突然發生嚴重故障，不得不把速度減慢下來。沒想到此時史 波克卻意外地出現了，使得所有的老戰友全都興奮不已。原來史波克還是沒有通過最後的考驗，他體內深藏的人性仍然無法根除。當史波克面對現實完全想通之後便決定還是回到星際艦隊來繼續服役。不過，在精通心理學而洞悉人性的麥考伊眼中，卻已經看出了寇克與史波克的複雜心情。他感覺到他們最關心的似乎並不是這次的任務，而是返企業號的成就感。由於史波克的高超能力，很快就幫史考特等人排除了一切故障，使得企業號能及時迎上那團能量雲。不料正當穿進雲層時，伊莉雅卻突然被一種不知名的力量擄走，然後卻又傳送回來了一個與她一模一樣的複製人。據這個複製的伊莉雅說，她是那團雲派來作爲雙方溝通的媒介。原來這團雲竟然是個有智慧的個體！它透過假伊莉雅，宣稱自己的名字叫『威 者』（V'ger），正要航向地球去尋找自己的創造者，並且還要試圖與創造者結合。接着假伊莉雅又不顧衆人的疑惑，反而開始詢問有關企業號的問題。因爲過去與伊莉雅的一段淵源，迪卡便理所當然地負責與這位假伊莉雅溝通，他還不時地利用這種特殊關係，試着向她套取更多威者的情報。當這團能量雲還剩幾個小時就要到達地球時，史波克擅自偷了一艘小型登陸艇，單槍匹馬地駛向雲層內部，試着用瓦肯人的心靈感應術與它溝通。結果史波克發現威者竟然是部活機器，它的故鄉在銀河系的另外一端，是一個全部由機器人統治的......