真新鎮的少年年滿10歲之後，就可以得到訓練神奇寶貝的資格。10歲的少年小智（松本梨香 配音）以成爲最厲害的神奇寶貝訓練大師爲目標，即將踏上了修行之旅。小智因爲早上賴牀遲到，險些失去挑選神奇寶貝的資格，無奈下他領走了一隻被挑剩下的神奇寶貝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名電氣鼠，雖然長相可愛，但性格含羞內向卻又不親近人類，稍有不滿就亂放電電人，暴躁的脾氣讓小智吃盡了苦頭。大木博士把神奇寶貝圖和寶貝球作爲踐行禮物送給了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇寶貝的世界有許多謎題和探險在等着他們，迎接他們的到底是光明還是黑暗，小智能否如願成爲神奇寶貝大師呢？