在白天，羽丘芽美（櫻井智配音）是就讀於聖波利亞學院二年級的普通女生，可是一到夜晚，她就會變身成爲行俠仗義的怪盜聖少女，在好友深森聖良（井上喜久子配音）的幫助下展開劫富濟貧的行動。芽美最大的對手不是別人，正是同班同學，自稱爲名偵探的飛鳥二世（岡野浩介配音）。飛鳥強烈的正義感讓他下定決心，誓要揭開聖少女的真正面目，父親刑警的職業也爲飛鳥的抓捕行動提供了便利，雖然屢屢經歷失敗，但飛鳥並沒有因此而氣餒。其實，飛鳥一直佔據着亞美作爲普通少女的內心，但礙於身份無法向他表達，遊走在雙重身份之間也讓亞美經歷了一些特殊的驚險時刻。一個不斷追捕，一個不斷逃避，最終這本性善良的兩人竟會迎來怎樣的結局呢？