在上一季中解散了“別動搜查隊”的“刑警總務課”課長片桐正敏（吉田鋼太郎飾）成爲室長，帶領專職負責案件高發的東京臨海地區的“最強別動隊”=“第11方面本部準備室”。他再次召集了曾是“警視廳搜查一課12系”時期下屬的天樹（東山紀之飾）、是12系所屬的沙村康介（高島政宏飾）、水田環（倉科加奈飾）、青山新（冢本高史飾）、隸屬“未來犯罪預測中心”的山下巧（片岡愛之助飾）、法醫學教室教授·堂本俊太郎（北大路欣也飾）等人，與之一起投身與“全季最強敵人”的激烈戰鬥中去。伴隨面向2020年進行重新開發計劃所帶來的利益鬥爭激化，臨海地區日漸成爲新的犯罪溫牀。這片被譽爲現代日本縮影的混亂地帶，天樹小組將在每集中挑戰日趨複雜化、多樣化並且國際化的“超兇惡犯罪”。在此過程中，號稱臨海地區的幕後黑手也開始浮出水面。